Denominamos microbiota autóctona al conjunto de comunidades microbianas que habitan sobre nuestra piel y en las cavidades internas conectadas con el exterior. La relación es mutuamente beneficiosa, hasta el punto de que nuestra vida sería imposible en ausencia de microbiota. Sin embargo, sus componentes pueden actuar como patógenos oportunistas si se produce una invasión masiva del medio interno, por ejemplo una peritonitis consecuencia de la extravasación de contenido intestinal a la cavidad abdominal y/o el paciente presenta una enfermedad de base grave, debido a que habitualmente cursan con inmunodepresión.

Las infecciones del tracto urogenital femenino constituyen uno de los motivos de consulta más frecuente en la práctica clínica ginecológica. Siendo una patología que afecta de manera diversa al bienestar de las mujeres, sobre todo cuando son persistentes, o si hay particulares factores de riesgo que condicionan las frecuentes recidivas en algunos casos. Siendo la repetición de procesos, donde muchas terapias empleadas habitualmente son ineficaces. Los nuevos conceptos del ecosistema vaginal, o de microbiota y su restablecimiento a la normalidad, están muy bien aceptados en las preferencias de muchas mujeres.

El avance en los últimos años en las técnicas de biología molecular (PCR cuantitativa, análisis y secuenciación masiva por PCR de genes 16S rRNA, amplificación selectiva de especies conocidas por PCR, hibridación in situ con fluorescencia, etc.),  ha puesto en conocimiento la diversidad de la microbiota intestinal y vaginal y los mecanismos que regulan el mantenimiento de su respectivo ecosistema, tanto de su sistema defensivo como de las situaciones desestabilizadoras; ayudando así a poder establecer medidas preventivas, o finalmente terapéuticas. 

La rotura de este equilibrio del ecosistema conocida por disbiosis, bien por la reducción de la población bacteriana o por el sobrecrecimiento de otras especies, se traducirá en la presencia de síntomas y signos asociados a diversas patologías.

Cada vez hay más evidencia del uso de probióticos y sus nuevas formas galénicas, demostrando su eficacia en las diversas patologías que alteran el equilibrio dinámico vaginal, por tanto, un lugar en ese contexto lo ocupan los lactobacilos, capaces de desarrollar diversas acciones reguladoras de  la respuesta inmunitaria a nivel local, desintegrar las interacciones de los pilli bacterianos con las glicoproteínas de la membrana celular, y liberar sustancias bactericidas como peróxido de hidrógeno, ácido láctico, o péptidos antibacterianos como las bacteriocinas; siendo una opción de restitución fisiológica de la microbiota vaginal, así como para el mantenimiento de una buena salud vaginal.