En la última década ha emergido un nuevo paradigma que puede explicar muchas de las incertidumbres existentes sobre la patogenia de las enfermedades poligénicas crónicas, asociadas al estilo de vida de la sociedad moderna. Se trata de la microbiota y en especial de la población microbiana que reside en el colon, donde constituye un ecosistema que se encuentra en contacto con el resto del organismo a través de la pared intestinal. Se trata de agentes comensales que actúan en simbiosis con el ser humano en funciones tan importantes como la digestión de los alimentos, la fijación de nitrógeno y carbono, la oxidación y reducción de moléculas inorgánicas y la síntesis de aminoácidos esenciales, cofactores y vitaminas. En este vasto número de microorganismos se incluyen bacterias, protozoos, arqueas, hongos y un enorme número de virus que constituyen la microbiota comensal.

El gran descubrimiento de los últimos años es que no existe una separación real, sino que esta población saprofita no está aislada del resto de nuestros órganos y sistemas, sino que se interconecta con ellos y participa en nuestra fisiología, modulando la propia función intestinal y sobre todo trasmitiendo múltiples señales a órganos tan diversos y alejados como el hígado, el páncreas, el tejido adiposo o el cerebro. El mayor conocimiento actualmente existente es sobre las bacterias, que serán el objeto de este curso, cuyo número varía entre individuos, pero en sus características taxonómicas se da una alta similitud entre individuos. Los grandes avances recientes han demostrado que las alteraciones en la composición de la microbiota son frecuentes en múltiples enfermedades de mecanismo incierto, que afectan a distintos órganos y sistemas y que, gracias a las múltiples señales generadas en la microbiota participan en procesos muy variados.